ご質問ありがとうございます
楽天の該当の項目ですが、直接アップをせずに
CSVをダウンロードしてみるとサーチ非表示はどのような値になっていますでしょうか？

商品を一つだけ完成エリアにもっていっていただきまして
楽天のダウンロードボタンを押すとダウンロード可能でございます！

ダウンロードしたデータを解凍したのち
マイクロソフトのエクセルなどで開いていただきますと確認可能でございます！

御社データを確認したところプロセスが間違っているようでした
モール別入力欄は$malldata['malldataXX']という形になります
以下の通り変更していただくことで解決すると思います

【現在】
<!--{if "$malldata11" == "1"}-->
1
<!--{/if}-->

【以下に修正してください】
<!--{if "$malldata['malldata11']" == "1"}-->
1
<!--{/if}-->

以上、お忙しいところ恐縮ですがご確認よろしくお願いいたします