それぞれのモールで条件が違うので変更したいです、楽天では5000円以上の商品はポイント3倍にして、Yahooでは送料無料にしたいです可能でしょうか？

はい、上記問題なく可能でございます。
各モールごとに更に複雑な条件付けも自由に設定可能でございます。
定義したものが、すべて自動で設定されます。

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