EC-CUBEを複数店舗運用しています、商品ごとに分けて出品することは可能でしょうか？

はい、ECキューブのバージョンが最新版で
CSVの登録機能部分がデフォルトの状態（カスタマイズしていない状態）であれば可能でございます。

デザインの異なる店舗であっても、
A店、B店と分けてのレイアウトを変えての出品も可能でございます。

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